O objetivo principal do PEC é promover a cooperação educacional, cultural, científica e tecnológica entre o Brasil e outros países. Isso é feito por meio de acordos bilaterais, que permitem que estudantes internacionais venham estudar em instituições de ensino superior brasileiras. Esses acordos são fundamentais, pois estabelecem as bases para a troca acadêmica e a colaboração entre as duas partes, enriquecendo a experiência de aprendizado tanto dos estudantes brasileiros quanto dos estrangeiros.
A responsabilidade pela gestão do programa é compartilhada entre diferentes órgãos governamentais. O programa é desenvolvido pelo Ministério das Relações Exteriores, que tem um papel fundamental na negociação e coordenação dos acordos internacionais. No entanto, também envolve o Ministério da Educação, especialmente na gestão dos cursos de graduação e de português como língua estrangeira. Isso garante que as normas educacionais sejam seguidas e que os estudantes recebam uma educação de qualidade. No caso dos cursos de pós - graduação, as próprias instituições de ensino superior têm um papel ativo na gestão, pois são elas que detêm a especialização e a expertise nesses níveis de ensino.